思想重视程度不够。思想的高度决定行为的力度。具体到农村厕所来说，一方面是政府部门对现实中的问题没有引起足够重视，引发工作的缺位，如上层设计不足、宣传发动不够、政策执行不到位、监督管理不严等；另一方面是农民自身重视不够，对改厕的意义和不改的危害性认识不足，不能形成自发推动改厕的内生动力。
基层网底管理作用发挥不充分。上面千条线，下面一根针。任何一项工作，最后都要靠镇村级基层组织去推动落地生根；任何部门的管理，也需要依靠基层组织去补充、补位。在建设改造农村厕所工作上，基层组织工作人员不能仅限于上传下达、邯郸学步，甚或睁一只眼闭一只眼，要善于思考，多提出适合农村实际和农民需求的好思路、好点子，指导、规范各项行为，及时反馈信息，充分发挥好基层桥梁堡垒作用。
工作缺乏合力。农村污水处理的职能涉及环保、水务、卫生多部门，衔接得好，会合理规划、科学建设；处理不好，部门之间的工作各行其道。缺乏沟通、统筹，就会致使一件事没有人管，或者大家都来管，下面不知听谁的，要么混乱建设，要么重复建设。如，乡村改造规划建设房屋、道路时，没有考虑周全厕所污水处理涉及的化粪池、管网、集中处理设施的建设，导致建设化粪池、管网、集中处理设施时需要二次、三次开挖，甚至无地可建；建设厕所污水处理设施时，缺乏考虑选址合适与否，对将来房屋村舍改造的妨碍程度，导致化粪池可能建在房屋通道中间，开口接管处影响通行；化粪池建成后，部门联合验收的配合程度不高，化粪池的质量、功能能否达到标准不能确定，影响日后使用效果。
监管职责履行不到位。2010年，住建部提出了农村污水治理要以厕所污水治理为目标，实行“四个统一”模式，即“统一设计、统一招标、统一施工、统一验收”。虽然农村厕所污水治理统一了化粪池建设标准，但由于没有统一设计、统一招标、统一施工，化粪池建在哪、建多大、开不开孔、接不接管、做不做防渗很大程度都由农民自己说了算；验收虽然基本统一，但由于标准执行不够严，建设结果因此五花八门，粪水下渗或外排对保护地下水源和河流湖泊水质依然有较大影响；后端缺乏对化粪池无害化指标的有效监测，厕所改造效果有待评价。
资金不足。三格化粪池、三联通沼气池建设成本高，一个普遍在6000元以上，多的达到1万多。随着2014年中央和省级资金补助相继取消，仅靠市县不足1000元的补助对农民促进力不强，农民支持配合改厕的积极性不高，工作阻力增大，有些农民既要应付政府的强制政策又想节约成本，便会想方设法省略建设环节，降低建设成本，做出来的厕所和化粪池自然功效减弱。
对安徽农村改厕工作的建议
一是坚持目标引领，健全工作机制。各级政府、各相关部门应高度重视农村厕改工作的重要性，将以无害化厕所改造为主的农村污水治理纳入经济社会发展综合考核，推行领导干部包县区、包村镇，乃至承包到户，进行评分排名，以成果论成绩，以成绩论政绩。建立部门联席会议制度，充分发挥爱卫部门的组织、协调、指导、督导、检查、考核验收等工作职能，强化住建、卫生、环保、水务、旅游、农业等各部门参与改厕的职责。加大宣传动员、规划统筹、技术培训、建设管理、监督问责等各环节工作力度，形成省市县乡村层层夯实、行业部门齐抓共管的工作格局。
二是增强思考能力，灵活处理问题。要多动脑筋、因地制宜，改变千篇一律推行一种改厕模式、一户一池等做法，根据实际情况采取灵活多变的工作方式。比如根据人口多少设计化粪池的大小；对于人口少的家庭实行两户或多户联建，补助资金根据出地面积大小分配；畜禽养殖规模大的地方主推三联通沼气池，可一并有效解决畜禽粪便污染问题；立足本村地理位置、人口、财力、农业种植面积等实际，对污水后端处理采取不同建设模式，可以延伸城市污水管网向农村敷设，可以建设村级小型污水处理厂集中处理，可以建设多户污水集中贮存池以统一取肥为循环农业服务，可以设人工湿地自然净化，可以外包污水处理公司集中收运污水，也可以由农户自购小型家庭污水处理装置等。
三是树立超前思维，统筹污水治理。凡事预则立，不预则废。厕所污水是农村污水的一部分，污水统筹治理不好，会给厕所污水治理成效打折扣，美丽乡村建设目标也很难实现；污水统筹治理得好，就会大大减小厕所污水治理的难度，提高农村污水治理成效。2017年6月底，农业部在长沙召开全国畜禽粪便处理和资源化利用会议，提倡建设畜禽粪便资源化处理中心。农业、卫生部门应会同住建、水务、环保等部门，研究将农村污水治理同新农村建设结合起来、同乡村旅游结合起来、同村镇整体改造结合起来，同全域循环农业结合起来，统筹推进农村污水治理的方式，力争将农户的畜禽粪便、农户厕所污水、庭院洗涤废水和厨房洗涤废水和小宾馆、小餐馆、农家乐等经预处理后的废水纳入各类农村生活污水处理范畴。充分落实“四统一”工作模式，规范施工标准，统一公开招标，选择过硬的施工队伍，保障工程达到技术规范。有效避免二次、三次重复开挖、重复建设，造成大量社会资源浪费。
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